כדי ליישב את הדברים אנו צריכים לדעת שישנן כמה בחינות בלימוד התורה הקדושה וכן בתפילה, כי עיקר החשיבות והמעלה של לימוד התורה של האדם, נקבע על פי המניע והכוונה של הלימוד. אפשר ללמוד תורה לשמה, לעלות ולהתעלות ולהתדבק בו יתברך ומאידך גיסא אפשר ללמוד תורה יומם ולילה, אבל כל המניע של הלימוד יהיה ממניעים עצמיים כגון כבוד מעמד וכסף או סיפוק עצמי וכיוצא בזה.
בוודאי כל ישראל קדושים הם ולומדים תורה לשמה, אך צריך לדעת שגם בלימוד התורה לשמה, ישנם בחינות שהם יותר בדקות, שהאדם עשוי לא להבחין בהם. ישנם אנשים שמחוברים ומתקשרים אל החכמה הנפלאה של התורה והפלפול בה, ומקבלים ממנה עונג וחיות, כמו שכתוב "החכמה תחיה את בעליה", בוודאי לימוד כזה הוא במעלה יותר גדולה מהכוונה הקודמת, שהאדם לומד לא לשמה, אבל עדיין אין זה עיקר התכלית, כי עיקר התכלית של הלימוד הוא להביא את האדם לתיקון המידות ומעשים טובים, להכיר את השם יתברך ולדבוק בו.
כמו כן עלינו להדגיש, שגם בתפילה עצמה ישנן בחינות ומעלות שונות, כי יש אדם שמתפלל רק על צרכיו הגשמיים ועניני העולם הזה ולעומתו יש אחד שמתפלל גם על צרכים רוחניים, כמו כן ישנה תפילה שכולה רק בקשות לעצמו, לעומתה ישנה תפילה שכל כולה שבח והודאה ובקשה בשביל אחרים. מכאן יוצא שאי אפשר להשוות בין הדברים, בין התורה והתפילה, מה נמצא במעלה גבוהה יותר ומה חשוב יותר, כי ישנם הרבה בחינות והכל נמדד בדקות מאוד אצלו יתברך שהוא יודע תעלומות והוא היחיד שיודע באמת כוונתו הפנימית של כל אדם ואדם ומה יותר נעלה.
אך גם אם ניקח את המעלה העליונה של לימוד התורה ונעמיד מולה את התפילה בכוונותיה השונות נוכל להבחין שישנם סוגי תפילה שהם למטה מן התורה ומעלת הלימוד עולה עליהם וישנן סוגי תפילה שהם אפילו למעלה מן התורה, ועל תפילות כאלו רבינו אמר שמעלתן גדולה מן הכל.
את זה אנו יכולים ללמוד מדברי רבי נתן בליקוטי הלכות, אורח חיים ג', הלכות ר"ח ה', וזה לשונו: "יש שתי בחינות של תפילה, יש תפילה שהיא למטה מהתורה והיא טפילה אליה ויש תפילה שהיא בחינה אחת עם התורה ממש ואפילו גבוהה ממנה. כי יש תפילה שמתפלל האדם על צרכיו, דהיינו פרנסה, בנים, חיים ורפואה וזאת התפילה נקראת חיי שעה, והיא למטה מהתורה וטפילה אליה.
כי בוודאי מי שמתפלל על צרכי גופו ואינו מתכוון כלל בשביל התורה, רק הוא מתפלל שייתן לו השם יתברך בני חיי ומזוני, רק להנאתו ולצורך גופו, בוודאי תפילה כזאת אינה חשובה כל כך לפני השם יתברך, כי זה ידוע ונראה בחוש שכל ימי חיינו הבל וריק וימינו כצל עובר, ומה יתרון לאדם בכל עמלו. ואם יצבור כעפר כסף וכו' לא במותו יקח הכל, ואין מלווין לו לאדם לא כסף ולא זהב ולא אבנים טובות ומרגליות.
על כן, מי שאינו מסתכל על התכלית האחרון האמיתי, למה לו חיים ומה הנחת רוח להשם יתברך מתפילתו שמתפלל שייתן לו השם יתברך פרנסה וממון למלא תאוות בטנו, כי השם יתברך יודע ומבין שכל מה שמבקש אינו טובה לפניו כלל, כי מאחר שאינו מסתכל על התכלית, בוודאי הפרנסה והעשירות שלו הם בחינת "עושר שמור לבעליו לרעתו" ר"ל, נמצא שהתפילה שהיא לצורך הגוף לבד, בלי כוונת קיום התורה, היא בוודאי אינה טובה כלל ועל תפילות כאלו קורא הזוהר שהם צווחין ככלבים 'הב הב' 'הב לן חיי' 'הב לן מזוני', ואין להשם יתברך נחת מזה.
אך כשמתפלל ומכוון בתפילתו על חיי ומזוני וכל כוונתו כדי שיזכה לעשות רצונו ולקיים תורתו ומצוותיו, באמת בוודאי יש להשם נחת רוח מתפילה כזאת, אבל אעפ"י כן תפילה כזאת היא בוודאי טפילה לתורה, כי אין לה שום חיות וקיום כי אם ע"י התורה, כי הוא מתפלל על צרכי הגוף, כדי שיוכל לקיים את התורה שהיא העיקר.
אבל עיקר התפילה השלימה היא כשהאדם מתפלל רק על צרכי נשמתו וכל תפילותיו שיזכה ליראת השם ואהבתו ולתיקון המידות והמעשים. וזאת התפילה היא שווה עם התורה וגבוהה ממנה, כי לא המדרש העיקר אלא המעשה, וזה כוונתו בתפילתו שמבקש ליראה את השם ולקיים מצוותיו. נמצא שזאת התפילה והתורה שווים בקומתם ואף התפילה גבוהה יותר, כמו שנאמר "אשת חיל עטרת בעלה".
מדברי רבי נתן אנו יכולים ללמוד שבוודאי כל תפלה ותפילה שהאדם משיח את ליבו לפני השם יתברך היא יקרה וחשובה מאוד לפניו יתברך, אך כמו בתורה הקדושה שיש בה חילוקים בכוונת הלימוד, כמו כן בתפילה עצמה יש חילוקים, מה הכוונה של התפילות שלו, על מה הוא מתפלל ומה הוא מבקש.
אם האדם מבקש רק ענייני העולם הזה ורק את צרכיו הגשמיים, אם הוא עושה זאת רק כדי למלא בטנו ואת תאוותיו ורק כדי שיוטב לו פה בעולם הזה, בלי שום קשר לתכליתו, הרי שתפילה כזאת אם תענה יש אפשרות שתוכל להזיק לאדם, מכיוון שאם יסופקו צרכיו הוא יוכל לשקוע יותר בתאוותיו ובענייני העולם הזה ועל כן אעפ"י שהשם יתברך שמח בכל תפילה ודיבור של יהודי שפונה אליו, עדיין תפילה כזאת אינה טובה לפניו כלל, כי השם יתברך רוצה בטובתנו הנצחית.
אך אם האדם מבקש על צרכיו הגשמיים, כדי שיוכל ללמוד ולקיים את המצוות כאן כבר המעלה היא גבוה יותר, כי הרי הוא מבקש ומתפלל על צרכיו הגשמיים כדי שיוכל לקיים את רצונו יתברך וללמוד תורה, אך עדיין תפילה כזאת היא טפילה אל התורה והתורה הקדושה נמצאת במעלה גבוהה ממנה, כי היא התכלית של כל הדברים שהוא נצרך ומתפלל עבורם.
לעומת זאת, כאשר האדם מתפלל על צרכי נשמתו ועל קיום התורה, הרי שתפילה כזאת מעלתה שווה לתורה ואפילו גבוהה ממנה, כי "לא המדרש העיקר אלא המעשה". כאשר האדם מתפלל שיזכה לקיים את מה שהוא לומד הרי שהוא מתפלל על התכלית של הלימוד, שהוא תיקון המידות, מעשים טובים ודבקות בהשם יתברך ותפילה כזאת היא אפילו למעלה מן התורה כי בה תלוי כל קיום התורה.
על כן, אומר רבינו "התבודדות היא מעלה עליונה וגדולה מן הכל", כי בהתבודדות האדם מחזק את הקשר עם השם יתברך ומיישב דעתו מה התכלית מכל ענייני העולם הזה. בוודאי רבינו לא התכוון שהאדם ישיח את ליבו לפני השם יתברך רק בבקשות על הצרכים הגשמיים שלו, אלא כמובן על הצרכים של הנשמה ועל קיום התורה. כמו כן כאשר הוא מתפלל על מה שהוא נצרך בעולם הזה, יבקש על זה בשביל שיוכל לקיים את התכלית.
נמצא, שבוודאי לימוד התורה לשמה אין למעלה ממנו, והיא הדרך הסלולה לנו להתקרב להשם יתברך, אבל עיקר הלימוד צריך להביא אותנו לידי תיקון המידות, לאמונה, למעשים טובים ולהתקרב להשם יתברך. ולזה אי אפשר להגיע בלי עזרתו יתברך, כי בלעדי התפילה והשיחה של האדם בינו לבין השם יתברך, הרי שגם ללמוד את התורה באמת לא יוכל, כי "אין האדם נוקף אצבעו מלמטה אם לא מכריזין עליו מלמעלה" וכל מה שהאדם זוכה לו זה בחמלת השם עליו וברחמיו הגדולים. אם כך, תפילה כזאת שהאדם מבקש מהשם יתברך עזרה וסיוע להתקרב אליו, לתקן את מידותיו, לעשות מעשים טובים וללמוד תורה ולקיים אותה- מעלתה עליונה וגדולה מן הכל, והיא למעשה מעלה את כל עבודת האדם ולימוד התורה ואף את האדם עצמו למדרגות עליונות וגדולות מאוד.