רבי נתן מתאר לנו את גודל עוצם כח הבחירה בליקוטי הלכות, הלכות נטילת ידיים, הלכה ו': "בתחילת ההתגלות של השם יתברך למשה בסנה אמר לו השם יתברך שישליך את המטה ארצה, ויהפך המטה לנחש.
היינו כי משה היה ממאן בשליחותו כי אמר שאין בידו לגאלם ולהאיר בהם הדעת הקדוש והאמונה מחמת שיודע שיש בישראל כמה אנשים שקלקלו הרבה ומונחים בארציות ובגשמיות ואין בכוחם לקבל את הדעת והרוחניות. ועל כן אמר לו השם יתברך שישליך את המטה ארצה כי רצה לרמוז לו בזה ולהראות לו את הדרך שבה עליו לנהוג כדי להוציא את ישראל מהמקום בו הם נמצאים.
כי המטה רומז על בחינת מט"ט שמשם שורש הבחירה מכיוון שיש ביד האדם את היכולת להטות לכאן ולכאן. והראה לו השם יתברך למשה במופת זה שיבין את גודל הכח של הבחירה וזה שאמר לו השם יתברך שישליך את המטה ארצה ויהפך לנחש.
כי באמת משה רבנו כבר הפך את הבחירה לטובה כי כבר עמד בניסיון ונעשה כולו טוב, אך רצה להראות לו השם יתברך את כח הבחירה של המון העם השקועים בארציות כי תיכף שהשליך את המטה ארצה נהפך לנחש, היינו שאצל רוב העם שמונחים בארציות נהפך המטה שהוא כח הבחירה לנחש מגודל התגרות היצר הרע שהוא בחינת הנחש הקדמוני.
ותכף לאחר מכן אמר לו השם יתברך, שלח ידך ואחוז בזנבו ויהי למטה בחזרה.
להורות לו ולהודיעו שאף על פי שהיצר הרע והנחש מתגבר כל כך בכח הבחירה אף על פי כן מידה טובה מרובה ויש בידך להפוך המטה מנחש למטה. היינו שיש לך כח לעזור אפילו לאותם אלו שנשקעו כל כך בארציות ונתהפך אצלם כח הבחירה לנחש, על ידי שתמצא להם זכות ותאחז בנקודה טובה שבהם ותאיר בהם הדעת שעדיין השם יתברך איתם על ידי זה יתהפכו מנחש למטה.
ודווקא על ידי המטה הזה נעשו כל האותות והמופתים כי עיקר הגאולה הוא על ידי זה שהצדיק מעורר הנופלים מאוד ואוחז בכל נקודה טובה שמוצא בכל יהודי וכל נקודת זכות עד שמקרבם להשם יתברך ומודיע להם עוצם מעלתם".
בתורה זו אנו יכולים ללמוד ולהבין את גודל הכח של הבחירה שניתנה לאדם, שאפילו אם הוא מונח בשפל המדרגה בתוך כל תאוות העולם הזה והוא כבר מורגל במעשיו הרעים, אעפ"י כן יש בידו את הבחירה להפוך את הכל לטובה, לצאת מן הרע לטוב. אפילו משה רבינו לא השיג זאת בשלמות, כי לא הבין כיצד להעלות אנשים המונחים בתחתית השיפלות, כיצד אפשר להעלות אותם ע"י כח הבחירה שלהם.
זה מה שאמר לו השם יתברך, אחוז בזנבו, תאחז בנקודה אחת טובה שלהם ועל ידה תוכל להעלות אותם מן הרע אל הטוב, זה גם מה שמגלה לנו רבינו בתורת אזמרה על עוצם המעלה של הנקודה טובה שיכולה להפוך את הכל מכף חובה לכף זכות.
אם כך עיקר שורש הבחירה שיש לאדם הוא ברצון שלו, במחשבה, ובהתמקדות בדברים הנכונים, כאשר אנחנו מתמקדים ומתבוננים הטוב שיש בנו, כאשר אנחנו מבינים ומשיגים מה הוא הטוב האמיתי, הרי שאנחנו רוצים אותו וגם בוחרים בו.
רבי נתן מחזק אותנו בעניין זה במכתב רכ"ד בספר עלים לתרופה וז"ל: "מבחנו הראשי של האדם ומהות חופש בחירתו נובעים מן העובדה, שאיננו מבין בעצם את המצב שהוא עצמו נתון בו. שהרי אילו הבין בדיוק מה קורה בכל שעה, אילו היה ער למצבו האמיתי בכל רגע, אילו ידע להעריך כמה יקרה היא להשם כל תנועה טובה מתנועותיו וכל מחשבה טובה ממחשבותיו, אזי היה רודף אחרי השם בכל כוחו, והיה לצדיק!
העובדה, שידע זה ומודעות זו מעורפלים הם, היא מבחנו הראשי של האדם ומהות חופש בחירתו. על כן, באמת אי אפשר לו לאדם להיות מודע ממש למצבו במהלך ימי חייו, כפי ששמעתי בשמו של רבי נחמן. שהרי באי ביטחון זה עצמו תלוי חופש בחירתו.
אולם, מי שדואג באמת ליעדו הנצחי צריך לשאוב מכך את כוחו, ולכל הפחות הוא צריך לדעת ולהבין שבעצם אין הוא מבין בכלל, שהרי נסתרות דרכי השם".