כידוע עיקר התכלית והלימוד של האדם בזה העולם הוא לקנות אמונה, כמו שנאמר "כל מצוותיך אמונה", אמונה בהשם יתברך, בתורה הקדושה ובצדיקי האמת, כמו כן עיקר המעלה והמדרגה של האדם נקבע ע"י מידת האמונה שיש לו.
האמונה היא בדבר שאין אנו מבינים בשכל, על כן היא בחינת ראשית ותכלית, כפי שאומר רבינו, שבתחילה אנחנו צריכים להאמין בדבר מסוים ע"פ התורה ודברי הצדיקים ואחר כך נזכה להבין את זה בשכל. כמו כן כל ההתנהלות שלנו בחיים ובעבודת השם מושפעת ע"י מה שהאדם מאמין בו.
בנוסף לכך, לאמונה יש עוד תכלית חשובה שעליה מדבר רבי נתן בליקוטי הלכות, יורה דעה א', הלכות הכשר כלים ב' וז"ל: "כי עיקר התהוות הכלים לקבל בתוכם את האור הוא ע"י אמונה, כי האמונה היא בחינת כלי לקבל את אור החכמה בתוכה. כי את אור השם יתברך בעצמו אי אפשר לקבל מחמת ריבוי אור, כי אור אין סוף ואי אפשר לקבלו כי אם ע"י כמה וכמה כלים. ועיקר כלל כל הכלים של הקדושה נעשין רק ע"י אמונה, כי ע"י אמונה שמאמינים בו יתברך בלי שום חכמה ושכל ע"י זה נעשה כלי. וכשזוכה להיות חזק ותקיף באמונתו אז זוכה שיתהווה כלי שיקבל בתוכו את האור ויזכה לאיזה השגה, הכל כפי תוקף האמונה שיש לו".
נמצא מדברי רבי נתן, שלמעשה עיקר החכמה האמיתית שיש לאדם תלוי במידת האמונה שיש לו, כי למעשה האמונה היא הכלי שבתוכה שוכן אור החכמה. וכמה שהאדם מתחזק ומתעלה באמונה כך הוא זוכה יותר להכיר את השם יתברך, זוכה לחכמה אמיתית ולהשגות חדשות.
ועוד מוסיף וכותב רבי נתן ש "העיקר הוא אמונת חכמים, כי מעוצם גדולתו ורוממותו יתברך אי אפשר לזכות אפילו לבחינת אמונה, כי אם ע"י יגיעתם ועבודתם ואמונתם השלמה להשיג השגות אלוקותו יתברך, והם יכולים להמשיך לנו מאורו וטובו יתברך ולהכניס בנו האמונה הקדושה".
זה למעשה עיקר המעלה הגדולה של ההתקרבות לצדיקי האמת, שהם נותנים לנו השגות אלוקות, כי הם היחידים שיודעים ומשיגים בו יתברך, ומבלעדיהם אין לנו שום תפיסה והשגה בו יתברך, כי השם יתברך הוא אין סוף ומתגלה רק לעבדיו ולצדיקים הגדולים במעלה, שהם מצמצמים את האור וממשיכים אותו לכל המתקרבים אליהם.
"אך גם מהצדיקים האמיתיים אי אפשר לקבל כי אם ע"י אמונה, דהיינו אמונת חכמים, כי גם אור הצדיקים האמיתיים רחוק וגבוה מאיתנו מאוד מאוד ואין לנו שום השגה ותפיסה בהם כלל, ואי אפשר לנו להתקרב אליהם ולקבל מהם כי אם ע"י אמונה לבד דהיינו אמונת חכמים".
נמצא שהאמונה בצדיקים האמיתיים היא יסוד גדול וחשוב מאוד לקבל אמונה נכונה ואמיתית בהשם יתברך כמו שנאמר "והאמינו בהשם ובמשה עבדו", כי רק בעזרת הצדיקים הגדולים במעלה אפשר לדעת ממנו יתברך ומרצונו האמיתי, ורק ע"י האמונה הקדושה אפשר להתקרב להשם יתברך ולהגיע לחכמה אמיתית ולהשגות אלוקות.
רבי נתן מדגיש את העובדה שצריך להאמין בו יתברך "בלי שום חכמה ושכל" כדי שיהיה נעשה ע"י זה כלי לקבל את אור השם יתברך. וכאן צריך להדגיש שבוודאי רבינו ורבי נתן לא ממעיטים בערך החכמה והשכל התורני, שהרי רבינו בעצמו הוא הנחל נובע מקור חכמה, כמו כן רבי נתן היה גאון עולם שאת כל זמנו הדגיש ללימוד התורה. אלא שרבי נתן בא להדגיש את דברי רבינו שאמר ש"עיקר היהדות זה פשיטות ותמימות וחכמות אין צריכין כלל" שכאשר אני בא לאיזה מצווה או לאיזה לימוד אני צריך ללמוד ולקיים את הדברים באמונה פשוטה בלי להכניס שום שכל וחכמות אלה לקיים זאת בפשיטות ותמימות, להאמין בהשם יתברך, להאמין בתורה הקדושה וכמובן להאמין בצדיקים האמיתיים, בכוחם ובמה שהם מלמדים אותנו.