מעבר לכך שהמחשבה משפיע על האדם ועל מצבו ורגשותיו, וכן עושה דברים עצומים בעולמות עליונים, אומר רבי נתן שגם ההצלחה והמניעות שיש לנו בעבודת השם, שורשן במוח ובמחשבה, כך הוא כותב בליקוטי הלכות, אורח חיים ב- הלכות ברכת הריח ה' וז"ל: "באמת עיקר כל המניעות הם מניעות המוח. כי עיקר המניעה שיש לאדם הוא מחמת שמבלבלים מוחו בעקמומיות וקושיות ובלבולים על צדיקי האמת או על שאר דברים שבקדושה שצריך לעשות עד שאינו יודע מעלתם ועוצם קדושתם שיכול לזכות על ידם לכל טוב נפלא ונורא מאוד.
כי בוודאי אם היה האדם רואה בעיניו גודל עשירותו והצלחתו בעולם הזה ובבא לנצח על ידי הצדקה שייתן או כל מצווה שיעשה, בוודאי כל אדם היה נותן צדקה הרבה בשתי ידיים, כי כמה וכמה האדם מתייגע ביגיעות גדולות ומוציא ממונו ומרבה בהוצאות בשביל ספק רווח, מכל שכן אם היה רואה בעיניו רווח כזה שמרוויחין ע"י הצדקה, בוודאי היה נותן בשתי ידיו בשמחה רבה וכן בכל המצוות וכן להתקרב לצדיקי האמת ולאנשיהם שיכולים לקרב אותו להשם יתברך שזה עולה על הכל ובזה תלוי כל קדושת יהדותו.
אם היה רואה נפלאות עריבות נעימות התקווה שיזכה על ידם לנצח בוודאי היה משליך הכל והיה רץ אחריהם בכל כוחו ולא הייתה שום מניעה והסתה ודחייה נחשבת בעיניו לכלום.
אבל עיקר המניעה הוא מניעת המוח, דהיינו שאין הוא רואה כל זאת בעיניו בתחילה. כי בתחילה בשעה שבא לעשות המצווה או להתקרב לאנשי אמת אינו רואה אמיתת מעלתם ועל ידי זה יש כח למניעות להשתטח כנגדו ולמנעו ח"ו ועל כן צריך להתגבר בכח חזק כנגדם. אך מאחר שהמניעות מעלימין מעלת הדבר שבקדושה אם כן מהיכן יקבל כח לשברם.
אולם עיקר הכח לשברם נמשך מרחמי השם יתברך שמאיר מרחוק בדעת כל אדם שיתנוצץ לו האמת מרחוק וזה בחינת הרמזים הבאים אל האדם בכל יום שיתקרב וישוב אליו. ומי שחפץ בחיים באמת אינו מטעה את עצמו ומתגבר בחשק חזק כפי המניעות ומשברם ומתקרב אל האמת. וזה מה שנאמר "הוי רץ למצווה קלה ובורח מן העבירה שמצווה גוררת מצווה ועבירה גוררת עבירה ששכר מצוה מצווה ושכר עבירה עבירה".
כי על ידי המצווה שעשה נכנעים ונתבטלים המניעות מהמצווה הבאה וכן להיפך על ידי עברה שעשה התגברו המונעים והמסיתים לעברה נוספת ועל כן עיקר ההתגברות על מניעות המח הוא עשיית המצוות בפועל שעל ידי זה מתבטלים כל המונעים והמסיתים.