בחינה נוספת של החילוף שנעשה כביכול בעולם זה בעניין הלב והמוח, כידוע האדם לומד את התורה הקדושה ומעמיק בה בעיקר בשכל ובמח, ויש גם עניין גדול להשקיע את השכל והמוח בלימוד התורה הקדושה, כי המוח הוא עיקר הנשמה של האדם וכל בירור המדמה של האדם נעשה במוח, כמו כן המוח גם צריך להיות שליט על הלב, ולהורות לאדם את המעשה אשר יעשה.
אך צריך לזכור שעיקר עבודת האדם ועיקר המלחמה שמתנהלת בו נמצא בלב, שם משכן שתי הנפשות, הנפש האלוקית והנפש הבהמית, על כן כל תכלית הלימוד שהאדם לומד הוא שישיב זאת אל הלב ויוריד זאת למעשים ולא ישאיר את הלימוד רק כידיעות שכליות, כמו שנאמר "וידעת היום והשבות אל לבבך". כי הלב הוא למעשה הכלי שדרכו האדם מתחבר אל השם יתברך ומשיג אותו , כמו שנאמר "כל חד כפום מה דמשער בלביה", כל אחד משיג ומכיר את השם יתברך, כפי השער שהוא מכין בליבו, כמו כן הלב הוא המלך של כל האיברים וממנו תוצאות חיים.
כידוע עיקר העבודה שבלב זה התפילה, כמו שנאמר "ולעבדו בכל לבבכם" ואומרים חכמינו "איזו היא עבודה שבלב זו תפילה". שהיא מהדברים העומדים ברומו של עולם ואנשים מזלזלים בה. לצערנו גם בתפילה עצמה נעשה בחינה החילוף הנ"ל, כי יש לנו את שלושת התפילות שסידרו לנו רבותינו הקדושים, שחרית מנחה וערבית. וכמו כן יש את התפילה האישית, שהאדם משיח בינו לבין קונו ושופך את ליבו שזה למעשה ההתבודדות. כמובן ששתי הבחינות של התפילה הם גדולות ועצומות מאוד ולא שייך לומר מה יותר חשוב ממה, אך אנו רואים שרוב בני העולם שמים את הדגש בעיקר על התפילות הסדורות, שחרית מנחה וערבית ומדקדקים בהם בכל מילה, ואילו אל התפילה האישית של האדם מול קונו, שהאדם שופך את שיחו באופן פרטי, אינם מייחסים חשיבות כל כך ולא נותנים דגש בעבודה זאת.
אומר רבינו הקדוש "התבודדות היא מעלה גדולה ועליונה מן הכל" דהיינו שיפרש שיחתו לפני השם יתברך בשפה שרגיל בה, וזו הייתה הדרך של כל הצדיקים והאבות הקדושים מימות עולם, וכל הצדיקים לא הגיעו למדרגתם אלה ע"י שהתמידו בעבודה קדושה זאת של ההתבודדות והתפילה האישית.
עוד כותב רבי נתן בהקדמה לספרו ליקוטי תפילות: "שמי שרוצה לחוס על נפשו ולהסתכל על תכליתו הניצחי באמת לאמיתו ורוצה להתקרב להשם יתברך באמת, וזה ידוע וברור, שאי אפשר להתקרב להשם יתברך באמת, דהיינו לשבר ולבטל כל המידות הרעות ולזכות לכל המידות טובות ולילך בדרכיו יתברך, זה אי אפשר כי אם ע"י תפילה ותחנונים וזעקה וצעקה להשם יתברך ימים ושנים הרבה, וכל הצדיקים והכשרים אמיתיים לא זכו למדרגתם כי אם ע"י זה על ידי התפילה ותחנונים ". רואים אנו מפורשות בדברי רבי נתן שאומר שאי אפשר להיות איש כשר באמת ולילך בדרכיו יתברך כי אם ע"י הנהגה זאת.
בוודאי ששלושת התפילות שתקנו לנו חז"ל, הם חשובות ועצומות מאוד ואין לנו כלל השגה בעוצם חשיבותם, ואנו מחויבים בתפילות אלו. אך צריך לדעת שלפני שתקנו חז"ל את התפילות הסדורות, היו אבותינו הקדושים וכל הצדיקים מתפללים לפניו יתברך בשפתם האישית, אבל עם השנים, ראו חכמינו שקשה לאנשים לנסח תפילות מליבם, על כן תקנו לנו את התפילות הסדורות, אבל עדיין אין הם מהוות תחליף לתפילה האישית של האדם בינו לבין קונו, שמעלתה גדולה מן הכל.
גם בתפילה הסדורה עצמה, בפסוקי דזימרה יש לנו פרקים שלמים מספר תהילים של דוד המלך, שזה היה למעשה התפילה האישית של דוד המלך להשם יתברך, שהיה שופך את ליבו לפניו בתפילות ומזמורים. כמו כן הקב"ה רוצה ומצפה מיהודי שישפוך שיחו לפניו, וידבר תפילות משלו, וזה עיקר תענוגיו ושעשועיו יתברך על כן צריך כל אחד לקבוע לו זמן מיוחד בכל יום, שבו הוא יתחבר להשם יתברך וישפוך שיחו לפניו, ויספר לו את כל מה שעובר עליו ואת כל צרכיו, ויודה לו וישבח אותו, וזו המעלה היא גדולה ועליונה מן הכל, שהיא מעלה את האדם למעלות עליונות וגבוהות מאוד.
"וכל מי שזוכה להתחזק בזה, להיות רצונו חזק תמיד אל האמת ולא ירפה את הרצון הטוב, אפילו אם יעבור עליו מה, בוודאי סוף כל סוף יהיה אחריתו טוב. ואלו שרגילין בהתבודדות הם בטוחים מכל צר ואויב ומשטין, כי הם מסתירים עצמם בצל כנפיו יתברך תמיד, ומי זה ערב את ליבו לגשת אל השם יתברך, שהם מסתירים עצמם אצלו יתברך בחינת: 'כי אתה השם מחסי'. וזה בחינת: 'וישכון ישראל בטח בדד' בחינת: 'כי אתה השם לבדד לבטח תושיבני', שעל ידי התבודדות שוכנים בטח. ככתוב: 'הן עם לבדד ישכון' שהם מתבודדים בינם לבין עצמם היטב היטב, מה יהיה סופם ותכליתם, שזהו כל עניין השיחה בינו לבין קונו 'ובגוים לא יתחשב' שאינם חושבים בדעתם מעשה הגויים שרודפים אחר הממון". לשון הספר השתפכות הנפש.