אחד הכוחות הגדולים והחשובים בנפש האדם הוא האמונה הקדושה, שהיא משפיע על כל אורחות חייו וקרבתו להשם יתברך, האדם בוחר בדברים שהוא מאמין בהם, בדברים שהוא חושב ומאמין שטובים לו או שיטיבו לו בעתיד. לאדם יש בחירה האם להאמין בהשם יתברך, בצדיקים ובתורה הקדושה או להיפך, להאמין למה שהעולם הזה משדר, לכל מיני חכמות חיצוניות של חכמי הטבע והמחקרים.
כפי אמונתו של האדם כך הוא בוחר את דרכו בחיים, את רצונותיו ומעשיו, כאן גם עיקר הניסיון והבחירה של האדם, על כן זו היא הסיבה העיקרית שהשם יתברך ברא את העולם הזה בהסתרה כל כך גדולה, הכל כדי לאפשר לאדם את כח הבחירה החופשית, בשביל לנסות את האדם באמונה ולראות במה יבחר וע"י זה יקבל גם את כל השכר המוכן לו בזכות בחירתו הטובה או להיפך.
האמונה היא למעשה הכח המניע של האדם, שמשפיע על כל אורחות חייו, אם האמונה של האדם מבוררת, נכונה ומחוברת לתכלית, אזי גם כל דרכו בעולם הזה תהיה סלולה ותוביל אותו אל התכלית האמיתית והנצחית. אך גם באמונה בעצמה ישנן מדרגות זו למעלה מזו, כאשר האדם עולה ומתעלה במדרגות האמונה, בכל פעם שהוא מגיע ונכנס למדרגת אמונה חדשה, הוא גם מתנסה בה בדקות יותר, ומברר לעצמו את האמונה בדברים חדשים שלא התנסה בהם קודם לכן.
כמובן שהאמונה הכללית היא האמונה בבורא עולם ובהשגחתו הפרטית, אך ככל שהאדם עולה ומתעלה יותר, הוא צריך להפוך את האמונה לידיעה, להכיר טוב יותר את גדולתו והנהגתו של השם יתברך ואת הדרך אשר ילך בה האדם בעולם הזה. עבודה זו של ברור האמונה וההכרה בתכלית ובהשם יתברך היא עבודת חיים שדורשת מהאדם אמונת חכמים גדולה ואמונה בצדיקים האמיתיים, שהם היחידים שמסרו נפש והתייגעו בעבודת השם ובירורו את האמת בירור אחר בירור והם למעשה יודעים ומודעים לכל החפץ בכך באמת את הדרך הסלולה אשר ילך בה האדם.
האמונה עצמה היא בדברים שאינם מובנים בשכל האדם ולא תמיד מסתדרים עם הדעת שלו, על כן, כאשר האדם מגיע להשגות ודעת חדשה שמלמדת אותו התורה הקדושה והצדיקים האמיתיים, הוא צריך להשליך את שכלו ולהאמין בדבריהם בפשיטות ותמימות. מוסיף רבינו הקדוש ואומר, שאם האדם חזק באמונה בדבר מסוים, לאחר מכן יזכה גם להבין אותו בשכל ולהוריד אותו אל הדעת. נמצא שהאמונה האמיתית היא גם שורש הדעת הנכונה והמידות הקדושות.
כפי שהדגשנו, עיקר הדעת האמיתית והאמונה הקדושה יכולים להודיע לנו רק הצדיקים הגדולים והאמיתיים, שהם נכנסו לחדרי חדריו הפנימיים של השם יתברך ויודעים את רצונו האמיתי ואת האמת לאמיתה, כפי שכותב על זה רבי נתן בליקוטי הלכות, אורח חיים ג', הלכות שבת ו': "כי העיקר הוא אמונת חכמים וצריך כל אדם לחוס על עצמו ולחשוב תמיד בכל יום על תכליתו הנצחית ומה יהיה בסופו, ולזכות לזה באמת אי אפשר כי אם ע"י החכמים הצדיקים האמיתיים. כי אפילו הכשרים והיראים והעוסקים בתורה אינם יכולים להגיע לשלמותם, כי אם ע"י הצדיקים האמיתיים, מכל שכן מי שפגם ועבר הרבה, כאשר כל אחד יודע בנפשו, בוודאי אי אפשר לרפאותו בנפש ובגוף, כי אם ע"י הצדיקים הגדולים הנפלאים באמת, היודעים שורשי נפשות מישראל בתורה ויודעים לתת דרך ותיקון לכל אחד מישראל.
כי מה שהרבה רחוקים מאמונת חכמים, הוא רק מחמת חכמות העולם הזה, שהם חכמות של הבל וכל אחד חכם בעיניו, כי באמת מי שיש לו איזו נקודה של שכל אמיתי, בוודאי יוכל להבין שכל חכמות העולם הזה הם שטותיים והבלים ואינם בכלל חכמה כלל, מאחר שעל ידם אינו יכול לבוא לתכליתו האמיתי והנצחי ולתיקון נפשו כמו שכתוב "איזה הוא החכם הרואה את הנולד", שעיקר החכמה היא כשמסתכלים על סוף כל דבר, מה יהיה נולד ונצמח מזה העסק והחכמה.
כי העיקר הוא הסוף האחרון, שצריך כל אחד להשכיל על דרכיו וליישב היטב דעתו מה יהיה נולד ממעשיו ועסקיו בסוף האחרון, כי לזה אין זוכים בשום חכמה שבעולם הזה, כי אם ע"י חכמת הצדיקים האמיתיים שהיא חכמת התורה באמת, כי הצדיקים האמיתיים יכולים לתקן ולרפאות כל אדם שבעולם, אע"פ שהוא חולה גדול בנפש ובגוף, כי כמו שכתוב ש"המבזה תלמיד חכם אין רפואה למכתו" כמו כן להיפך, מידה טובה מרובה, שהמאמין בצדיקים ובתלמידיהם אין מכה שבעולם בגוף ובנפש שלא יהיה לו רפואה על ידם בבחינת "ולכל בשרו מרפא" הנאמר על התורה.
אבל לא כל אדם יודע היכן הם הצדיקים האלו ואיך זוכים להאמין בהם ולהתקרב אליהם באמת. וזה בחינת "הגידה לי שאהבה נפשי איכה תרעה איכה תרביץ בצהרים וכו'", שישראל מבקשים מהשם יתברך שיגיד להם איכה ואיפה הוא הרועה האמתי שינהיג אותנו? והשם יתברך משיב להם "אם לא תדעי לך היפה בנשים צאי לך בעקבי הצאן" שזה בחינת יעקב שהיה רועה צאן, שפרש עצמו מהעולם הזה והתבודד וביקש את השם, ורק ע"י זה שנבקש ונתפלל ויהיה כל חפצינו ורצוננו ותשוקתנו למצוא את הרועה, בשביל להתקרב אל התכלית ובשביל האמת".
נמצא שכל האמונה של האדם ורפואת נפשו, על פי דברי רבי נתן, תלויים בצדיקים האמיתיים, אך על פי רוב מגודל ההסתרה וההעלמה של העולם הזה, לא תמיד אנחנו יודעים מי הם אלו הצדיקים הגדולים במעלה אשר יכולים להורות לנו את הדרך ולתת לנו אמונה אמיתית ונכונה, כפי שמצינו במעשה מבעל תפילה של רבינו הקדוש, שם הוא מספר מהטעות והמבוכה הגדולה של בני העולם, שכל כת בחרו להם עניין ותכלית שבהם האמינו ועשו אותו לתכלית, וגם בחרו במנהיג שהיה חזק בתכלית זו שהם האמינו בה והלכו אחריו.
הייתה כת שבחרה את הדיבור לתכלית, ובחרו מנהיג שהיה יודע לדבר. כת אחרת בחרה בחכמה לתכלית ובחרו איש חכם בכל חכמות העולם הזה. כמו כן הכת שבחרו את השמחה לתכלית ובחרו מנהיג משוגע ושמח וכן הלאה עד הכת שחשבו שהתכלית הוא הממון והחזיקו מבעלי הממון לאלים ממש והלכו אחריהם.
נמצא שכל אדם בזה העולם בוחר לעצמו תכלית שבה הוא מאמין ועל פי האמונה שלו הוא בוחר לעצמו גם מנהיג שאחריו הוא הולך ואליו הוא מתחבר. אבל הייתה גם את הכת של הבעל תפילה שהוא לימד את אנשיו שבאמת אין שום תכלית בעולם, כי אם להתפלל ולהתחבר להשם יתברך, שזה הבחינה של הצדיקים האמיתיים ומורי הדרך לכל החפץ בחיים אמיתיים.