רבינו מתאר לנו את הדרך של התפילות הסדורות ותפילת ההתבודדות, במשל לדרך כבושה לרבים, שכולם מכירים אותה ועוברים בה, אבל גם יש בה ליסטים ואורבים שמחכים לסוחרים בדרך. לעומת זאת ישנה דרך שאינה מוכרת לרבים והיא פחות נוחה וסלולה אבל שמה גם יותר נוח ובטוח לעבור.
כמו כן התפילות הסדורות, שחרית מנחה ערבית, הם ידועות וקבועות ועל הדרך הזאת כבר אורבים כל המקטרגים והמונעים שמפריעים לאדם להתרכז בתפילה ומנסים למנוע מתפילתו לעלות. לעומת זאת תפילת ההתבודדות והשיחה האישית של האדם עם קונו משולה לדרך חדשה שאינה מוכרת שזה בחינת נתיב לא ידעו עיט שהמקטרגים לא יודעים עליה, כי לכל אדם יש דרך מיוחדת לבטא את תפילותיו והדיבורים שיוצאים מפיו הם דיבורים חדשים לגמרי.
באמת גם התפילות הסדורות לנו וגם תפילת ההתבודדות חשובות מאוד וגדולתם נעלה ונשגבה, וכמו שהתפילה הסדורה יש עליה אורבים ומקטרגים כמו כן היא כבר דרך סלולה שתיקנו לנו רבותינו, כך שאם האדם הולך בדרך הזו ומצליח להתגבר על המחשבות הזרות והבלבולים הוא מגיע ליעדו. לעומת זאת הדרך של ההתבודדות היא דרך חדשה ולא מוכרת ועל כן גם קשה יותר, כי בתפילות הסדורות יש לנו את התפילה הסדורה וכתובה ואנחנו יכולים להתרכז במה שכתוב, לעומת זאת בתפילה האישית שהאדם שח בינו לבין קונו, קשה יותר לאדם לבטא את מחשבותיו ורצונותיו ולפעמים האדם מגיע להתבודד ואין לו כלל דיבורים לדבר.
על כן העצה היעוצה כיצד להתגבר על הקשיים והמניעות היא לשלב בין השתיים, רבינו מדגיש את העובדה שהאדם יתפלל את התפילות הסדורות כאילו הוא אומר אותם מליבו ולא שיחשוב שהוא רק קורא את התפילות של דוד המלך, אלא יעשה את התפילה הסדורה כאילו הוא מתבודד ומשיח את ליבו וכל מה שכתוב הוא יכוון את ליבו ודעתו לדיבוריו כאילו הוא מתפלל אותם פעם ראשונה.
כמו כן בתפילת ההתבודדות, עצם זה שאני מגיע ולוקח פסק זמן ויושב עם עצמי ומתכוון לשוחח עם השם יתברך, זה כבר התחלה ומעשה גדול מאוד, אפילו אם אין אני מצליח לפתוח את הפה כלל, כי בזה אני מבטא את הרצון שלי לדבר עם השם יתברך ואת האמונה שלי שיש מי שרואה אותי ומקשיב לי. בוודאי אם האדם יתמיד בכך וירצה לדבר, השם יתברך ישלח לו דיבורים מן השמיים ויפתח את ליבו, כמו כן עצה טובה להקל על האדם שקשה לו ומוצא את עצמו שאין לו על מה לדבר, שירשום לו ראשי פרקים על מה הוא רוצה לדבר ולהתפלל.
לעניין המחשבות הזרות המבלבלות את האדם בתפילתו, נותן לנו רבי נחמן עצה אחת, שלא ינסה האדם לגרש אותם אלה פשוט ישיח את מחשבתו בחזרה למילות התפילה כי אין שתי מחשבות יכולות לשכון במוח האדם בעת ובעונה אחת, ואם כך ברגע שהאדם מזהה שמחשבתו משוטטת יחזיר אותה לעניין, ממש כמו הסוס שנוטה מדרכו ומחזירים אותו לדרך הישר.
רבי נתן מרחיב על העניין הנ"ל בליקוטי הלכות, חושן ומשפט א, הלכות דיינים ג' וכך הוא כותב: "כשהאדם עומד להתפלל אזי באים מחשבות זרות וקליפות ומסבבין אותו ונשאר בחושך ואינו יכול להתפלל וכו', ובאמת יש פתחים הרבה בתוך החושך לצאת משם אבל האדם הוא עיוור ואינו יודע למצוא הפתח, ורק ע"י האמת זוכה למצוא הפתח, כי עיקר האור המאיר לאדם הוא אור השם יתברך שהוא אור האמת, כמו שנאמר "השם אורי וישעי" והשקר מסלק את הקב"ה, וע"י אמת הקב"ה שוכן עימו תמיד, וכשהקב"ה עמו הוא מאיר לו איך לצאת מהחושך המונע אותו בתפילתו.
וזה "צוהר תעשה לתיבה" שהתיבה היא תיבת התפילה, הינו התיבה היוצאת מפיך באמת, היא תשים לך פתח בחושך שאתה ניצוד בו. כי צריך האדם להתחזק ולהתאמץ בכל עוז להוציא הדיבור מפיו באמת באיזה בחינה שהוא, אפילו אם אינו יכול להתפלל כלל, אף על פי כן יאמר הדיבור מפיו באמת בפשיטות גמור רק שיהיה באמת ואזי הדיבור האמת יאיר לו לצאת מתוך החושך ויוכל להתפלל היטב.
ונאמר שם שהאמת יש בה שתי בחינות, כי יש כאלו שדיבורם הוא אמת גמורה ואז אמירתם הוא בבחינת אבן טובה שמאירה בעצמה, ויש שאמירתם הוא אמת אבל אינה אמת ברורה כל כך ואז דיבורם הוא בבחינת חלון, דהיינו שאחר יכול להאיר בו. כי החילוק שבין אבן טובה לחלון הוא שחלון אין לו אור מעצמו אלא דרך שם נכנס האור, אבל כשאין אור אינו מאיר, אבל אבן טובה אפילו כשאין אור מבחוץ היא מאירה בעצמה, כמו כן יש בני אדם שדיבורי האמת שלהם הוא בבחינת חלון ואין בהם כח להאיר לעצמם רק יכולים לקבל האור, ויש שדיבורם הוא בבחינת אבן טובה שמאירה להם בעצמם, והכל לפי גודל האמת.
על כן צריך האדם הנלכד בחושך בעת התפילה לראות שיצאו דיבורי התפילה מפיו באמת לאמיתה בכוונת הלב בפשיטות, ויקשר עצמו בתפילתו לצדיק האמת שהוא יודע לכוון השערים ולהעלות התפילה למקום השייך לה. ואפילו אם רואה האדם שאינו יכול להתפלל כראוי כלל, על כל פנים יראה להוציא הדיבור מפיו באמת לפי מדרגתו, ואף על פי שעדיין אין האמת ברורה וזכה, עם כל זה מאחר שהוא חפץ באמת ומושך עצמו רק אל האמת ומכריח עצמו לדבר דיבור אמת, אפילו שהדיבור אינו עצם האמת בחינת אבן טובה, אף על פי כן הוא בחינת חלון ויוכל אחר להאיר בו, דהיינו הצדיקי אמת שכלולים מכל תפילות ישראל ואליהם אנו מקשרים כל תפילותינו, כי הצדיקים האמיתיים הם בחינת עצם האמת והם מאירים בכל תפילות ישראל ומעלים אותם כפי האמת שבכל תפילה ותפילה".