בספר משיבת נפש ישנו מאמר נפלא ומחזק בעניין זה של ההתבודדות "ואם האדם מרבה בתפילה והתבודדות ימים ושנים הרבה ואעפ"י כן הוא רואה בעצמו, שעדיין הוא רחוק מאוד מהשם יתברך, ונדמה לו, שהשם יתברך כמסתיר פנים ממנו ח"ו. אל יטעה ח"ו, שהשם יתברך אינו שומע תפילותיו ושיחותיו כלל, רק יאמין באמונה שלימה, שהשם יתברך שומע ומאזין ומקשיב כל דיבור ודיבור של כל תפילה ותחינה ושיחה, ואין שום דיבור נאבד ח"ו, רק כל דיבור ודיבור עושה רושם למעלה מעט ומעורר רחמיו יתברך בכל פעם, אך עדיין לא נגמר בניין הקדושה, שהוא צריך לכנוס בו. וברבות הימים והשנים, אם לא יהיה טיפש ולא יפול בדעתו בשום אופן בעולם ויתגבר ויתחזק ויתאמץ בתפילה יותר ויותר, אז ע"י ריבוי התפילות יכמרו רחמיו יתברך, עד שהשם יתברך יפנה אליו ויאיר לו פניו וימלא חפצו ורצונו בכח הצדיקים האמיתיים ויקרבהו ברחמים ובחמלה גדולה".
באמת העניין הזה של ההתבודדות הוא עבודה לא פשוטה כלל ועיקר והיא מצריכה אמונה פשוטה ותמימה, שהאדם יאמין בכל ליבו שיש מי ששומע אותו והשם יתברך חפץ בתפילותיו ושום דיבור אינו נאבד. כי לפעמים שהאדם רואה שזה כבר ימים ושנים הוא מתבודד ומתפלל ולא רואה ישועה או שינוי, נדמה לו שהשם יתברך מסתיר פניו ממנו ח"ו ולא שומע את תפילותיו. על זה רבינו בא ומדגיש לנו שאל נטעה ח"ו אחר מחשבות כאלה שכביכול השם יתברך לא שומע את תפילותינו, רק נאמין באמונה שלימה שהשם יתברך שומע ומאזין ומקשיב כל דיבור ודיבור של כל תפילה ושיחה ואין שום דיבור שנאבד ח"ו רק שעדיין לא הגיע זמן הישועה.
מעבר לזה שכל דיבור ודיבור עושה רושם למעלה ונעשים ממנו דברים עליונים ממש, שאין לנו בהם השגה, הדיבורים עצמם שהאדם משיח את ליבו לפני השם יתברך יוצרים כלים שאיתם ניתן לקבל את השפע והם אשר בונים את בניין הקדושה שהאדם עתיד להיכנס אליו ברוות הימים והשנים. רבינו מדגיש את העובדה שאסור לו לאדם שיתעקש בתפילתו שהשם יתברך יעשה לו דווקא את מבוקשו, כי זה בחינת הדוחק את השעה, רק יעשה את שלו ויתפלל לפניו תמיד ברחמים ותחנונים, אם ייתן לו השם יתברך ייתן ואם לאו לאו.
ואמר לעניין התחזקות בהתבודדות ושיחה בינו לבין קונו: "אפילו אם עוברים ימים ושנים הרבה, ונדמה לו, שלא פעל עדין בשיחתו ודיבוריו כלום, אעפ"י כן אל יפול מזה כלל, כי באמת בוודאי הדיבורים עושים רושם. על דרך משל: כמו מים היורדים על האבן, אעפ"י שנדמה שאין למים כח כנגד האבן הקשה ואין ניכר רושם המים בהאבן, אעפ"י כן כשהמים יורדים על האבן כמה וכמה זמנים רצופים, הם עושים נקב בהאבן, כנראה בחוש. כמו כן אפילו אם ליבו לב האבן, ואי ניכר בו רושם דיבוריו ותפילתו, אעפ"י כן ברבות הימים והשנים ינקב ליבו האבן ע"י שיחתו ודיבוריו, כמו אבנים שחקו אבן.
לפעמים האדם מוצא את עצמו מתפלל על דבר מסוים ימים ושנים ולא נענה ונראה לו שהשם יתברך מסתיר פניו ממנו ואינו מקשיב לתפילותיו, אבל באמת אומר רבינו שכל ההתרחקות היא כולה התקרבות, לפעמים מבאים לאדם חיסרון מסוים רק כדי שיתפלל עליו, כי השם יתברך רוצה לשמוע את האדם על כן מביא לו את אותו החיסרון. זה מה שכותב רבי נתן בפירוש במכתב רי"ח בעלים לתרופה וז"ל: "אדם צריך להאמין, שכל הקורה לו אינו אלא טובה גדולה מאת השם. היא משוגרת אליו או כדי שיכפר על עוונותיו, להזכיר לו לשוב אל השם או להניע אותו להתפלל עליה. כי כל מה שקורה עשוי להיות הגורם המסוים המביא את האדם לפנות להתבודדות כדי לבטא לפני השם את כאבו על עניין מסוים זה, הקב"ה מבקש את תפילותינו ולכן קורים לנו כל הדברים האלה, הכל בא כדי להזכיר לנו להתפלל לפניו".