כאשר האדם נעתק אפילו כחוט השערה מן הרע אל הטוב, הוא הולך פרסאות גדולות בשמיים ויש להשם יתברך שעשועים ונחת רוח גדול מאוד, זה כמובן נאמר בעיקר על המחשבה, כשהאדם נעתק ממחשבה לא טובה למחשבה טובה. בעיננו זה נראה כחסר חשיבות, אבל באמת גודל יקרת המחשבה אין לשער ולתאר והוא פועל נצורות בעולמות העליונים. על כן לפעמים הקב"ה מנסה את האדם ושולח לו מחשבות לא טובות שיתגברו עליו וכאשר האדם מתגבר כנגדם, זה גורם להשם יתברך נחת רוח ושעשועים גדולים.
מעבר לכך שיש להשם יתברך נחת רוח גדול מזה כאשר האדם מתגבר על המחשבות הרעות, ע"י שהוא מסיח דעתו מהם וחושב במחשבות טובות, בזה הוא גורם גם תיקון נפלא ועליית הניצוצות, כמו שכותב רבי נתן בליקוטי הלכות, אורח חיים ב' הלכות ברכת הפירות צ': "לפעמים נתעורר האדם אל הקדושה ומתלהב ליבו מאוד להשם יתברך בהשתוקקות נפלאה, ונדמה לו שבוודאי יהיה איש כשר ולא ימנעהו שום מונע או מעכב, ותכף אחר זמן מסוים נופל מתשוקתו ומטמטם ליבו ונתבלבל מוחו, ושוכח לגמרי את כל התשוקה הראשונה, כאילו מעולם לא הייתה לו תשוקה כלל לעבודת הבורא יתברך. ולפעמים יכול גם להיות שתשוקתו להשם יתברך ולעבודתו נמשכת זמן רב, ואעפ"י כן לאחר מכן נופל מזה ומטמטם ליבו עד ששוכח הכל.
כל זה נמשך מהמוחין הקדושים, שהם עיקר האדם, כי עיקר האדם הוא הדעת והמוח שהם הנשמה והחיות של האדם, וכשנתעורר לאדם איזה חשק דקדושה להשם יתברך ולעבודתו, זה נמשך מהמוחין, מבחינת נועם העליון שנמשך עליו איזו הארה והשפעה משם.
אך תיכף שנמשך עליו השפעת הנועם, נתעוררין החובלים שהם הקושיות התאוות והבלבולים הבאים להיתקן בנועם העליון, וכשאינו זוכה לתקנם, אזי הם פוגמים את המוחין הקדושים שנמשכו עליו, ועל ידי זה הוא שוכח הכל כאילו לא היה לו תשוקה כלל".
מדברי רבי נתן אנחנו רואים בפירוש שעיקר הנפילה והריחוק של האדם מתחיל במחשבה, כאשר באים עליו מחשבות לא טובות והוא אינו זוכה להסיח דעתו מהם, כמו כן להיפך כאשר הוא כן זוכה להסיח דעתו מהם ולחשוב מחשבות טובות הרי הוא יכול להפוך הכל לטובה, כי כל המחשבות הנ"ל באים לאדם כדי להיתקן, וכאשר האדם זוכה לתקנם, הרי הוא זוכה לברר ולהעלות ניצוצות קדושים, שזה עיקר התיקון על מה שפגם בפגם הברית, כי עיקר פגם הברית הוא פגם המחשבה וכאשר האדם זוכה לתקן את המחשבות הללו אזי הוא גם זוכה לתיקון ולקדושה.
"כי עיקר הטהרה מפגם הברית הוא ע"י טהרת המחשבה" כותב רבי נתן בליקוטי הלכות, אורח חיים א', הלכות תפילין ו' "כי כל אדם אפילו אם הוא כמו שהוא צריך לשמור את עצמו לבל תצא מחשבתו חוץ לגבול הקדושה, כי צריך לזכור ולידע שהמחשבה ביד האדם להטותה כרצונו ואל כל אשר יחפוץ יטה אותה.
אפילו אם כבר הורגלה מחשבתו לצאת מחוץ לגבול הקדושה הרבה, אעפ"כ בידו להטותה בכל פעם לדרך הישר, וזה כמו הסוס שיצא מהדרך שיכולין לתופסו ברסן ולהטותו לדרך הישר, כי אי אפשר שיהיו שתי מחשבות יחד במוח בשום אופן באותו זמן, על כן אם יחשוב מחשבה אחרת לטובה, בהכרח שתדחה מחשבתו החיצונה וכל ההרהורין העולים על מוחו. אבל צריך לחזור ולזכור זאת היטב היטב בכל פעם, בכל יום ובכל עת, כי הרבה נלכדו בזה, שבאים למה שבאים ונופלים בחטאים ועוונות מחמת שנדמה להם כאילו אין המחשבה בידם ופוגמים במחשבה ובאים לידי מעשה, ובאמת לא כן היא, כי המחשבה ביד האדם תמיד כנ"ל ובידו להטותה ולשמרה כרצונו".
נמצא שעיקר השליטה על המחשבה הוא אצל האדם, משמיים שולחים לאדם מחשבות, לפעמים מצד הקדושה ולפעמים להיפך והאדם הוא זה שצריך להחליט אחר מה להימשך, אם יבחר להתמקד חלילה במחשבות שאינן טובות, הרי שהוא יכול להימשך לרגשות שליליים ומעשים לא טובים, ולהיפך אם האדם יתמקד במחשבות טובות הרי ש"במקום שהאדם חושב שם כל האדם" כלומר שעצם זה שהאדם חושב על דברים טובים הרי שם הוא נמצא, כמו כן הקב"ה מצרף מחשבה טובה למעשה, ובוודאי יזכה להוציא את מחשבותיו הטובות מן הכח אל הפועל.
על כן גודל יקרת המחשבה אין לשער ולתאר והיא ממש פועלת נצורות בעולמות העליונים וכמו כן על האדם עצמו. כמו כן שורש העבודה והטהרה של האדם מתחיל במחשבה, כמו שנאמר 'סוף מעשה במחשבה תחילה', כאשר האדם מרבה לחשוב במחשבות טובות וקדושות הרי הוא מטהר את מוחו וליבו וכמו כן משפיע על מידותיו ומעשיו. ולהיפך, כאשר האדם לא נזהר מלשמור את מוחו ממחשבות חיצוניות, הרי בזה הוא מטמטם את מוחו ואת חלל ליבו וע"י זה יכול לבוא למכשולים רבים, אשרי מי שזוכה לאחוז בעבודה קדושה זאת ולעשות מחיצות למוחין הקדושים ולחשוב מחשבות טובות בתורה ועבודה ובענייני הקדושה.