גלוי וידוע עוצם חשיבות המעלה של קדושת המחשבה, שהיא בעצם השורש והיסוד לכל פעולות האדם, דיבוריו ומעשיו, כי הכל תלוי במחשבה, כמו שנאמר "הכל במחשבה יתבררו" ועוד "סוף מעשה במחשבה תחילה", שכל המעשים, הרגשות ומציאות האדם ועולמו, נמשכים ע"י המחשבה, כמו כן המחשבה עצמה פועלת בעולמות עליונים וגבוהים ונעשים ממנה דברים ממשיים ועצומים, שאין לנו שום השגה בהם.
בתורה מ"ט בליקוטי מוהר"ן, מתאר לנו רבינו את תהליך היווצרות המחשבות וזה לשונו: "והלב הוא הצייר של המידות, היינו החכמה שבלב, כמו שכתוב "ובלב כל חכם לב" וכו'. ועיקר היצירה הייתה בחכמה, כמו שכתוב "כולם בחכמה עשית", נמצא שהלב הוא הצייר, כמו שכתוב "צור לבבי", ואית יצירה ל'טב ולביש', כמו שאמרו חכמינו ז"ל "וייצר" – בשני יודין, והם שני יצרים, יש יצר טוב ויצר רע, היינו מחשבות טובות הם יצר טוב ומחשבות רעות הם יצר רע.
כי עיקר היצרים הם המחשבות והחכמות שבלב, כמו שכתוב: "כי יצר מחשבות ליבו", וכשהאדם חושב במחשבות רעות, הוא מטמטם את החלל של הבריאה, ששם התגלות המידות, כי הלב הוא צור העולמים היינו צור המידות, ומחשבות טובות שבלב הן יצרין טבין, שעל ידן נתגלין פעולות ומידות טובות.
נמצא כשהאדם חושב מחשבות טובות בליבו איך לעבוד את השם יתברך, בזה נעשה ליבו בבחינת "צור לבבי" ובחינת "וליבי חלל בקרבי", שבתוך החלל יתגלו פעולותיו ועל ידי פעולותיו הטובים יתגלה שהוא מקבל עול מלכות שמיים שלמה".
בתורה זו אנו יכולים ללמוד שבאמת עיקר יצירת המחשבה הוא בלב כמו שכתוב "יצר מחשבות ליבו" וכן החכמה שנאמר "ובלב כל חכם לב". אם כן, אפשר לשאול שאלה חשובה, הרי ידוע שעיקר החכמה והמחשבות הם בשכל האדם, ששם גם משכן הנשמה ואם כך כיצד רבינו והתורה הקדושה מציינים שהחכמה והמחשבות נמצאים בלב? כמו שנאמר "ונתת חכמה בליבי" ועוד נאמר "לב חכם לימינו". כמו כן, מה ההבדל בין החכמה שנמצאת במוח לבין החכמה המצויה בלב?
בשביל לבאר את הדברים הנ"ל, אנחנו צריכים להבין תחילה את בניין הדברים וסדר ההשתלשלות שלהם. באמת עיקר החכמה של האדם נמצא במוח ששם משכן הנשמה, המוח הוא גם הכלי לקבלת המחשבות, שם הוא מעבד אותם ואף צריך להחליט החלטות ולבחור בחירות נכונות, אך כעת לאחר שהאדם חשב את מחשבותיו, עיבד את הנתונים על פי החכמה שיש לו, הוא צריך כעת להוציא מן הכח אל הפועל את המחשבות, כמו שנאמר "וידעת היום והשבות אל לבבך" כלומר להוריד את המחשבות ואת הידיעות אל הלב שהוא למעשה אחראי על המידות ועל המעשים.
כאן רבינו מדגיש ש"הלב הוא הצייר של המידות", כלומר הלב תפקידו לצייר את המחשבות והנתונים שהגיעו מן המוח לטובה או להיפך ח"ו, ולפי הציור הזה הוא משפיע על המידות ועל המעשים, נמצא שהלב הוא בעצם המתורגמן והמוציא לפועל של המחשבות והחכמה שבמוח.
ידוע שהלב מחולק לשתי מדורים, חציו השמאלי של הלב הוא משכן הנפש הבהמית וחציו הימני הוא משכן הנפש האלוקית. כאשר האדם מטהר את ליבו ומתקן את מידותיו, הרי שהנפש האלוקית היא המשפיעה העיקרית על החכמה שבלב. ולהיפך, אם האדם הולך בשרירות ליבו ואחר תאוותיו, היצר הרע משתלט על הלב ומתרגם ומוציא לפועל את המחשבות לדברים רעים. כמו שנאמר "לב חכם לימינו ולב כסיל לשמאלו", וזה מה שאמר דוד המלך "וליבי חלל בקרבי" כלומר שדוד המלך הצליח להשליט את הנפש האלוקית על ליבו עד שלא נשאר שם שום מקום לנפש הבהמית.
כמו כן להיפך, כאשר גם המחשבות שבמוח מושפעות על ידי הרצונות והחשקים שבלב, ע"י שהאדם לא תיקן את מידותיו והולך אחר תאוותיו ושרירות ליבו, הרי שליבו נתון לשליטת הנפש הבהמית ומשדר למוח מחשבות, רצונות וחשקים שליליים, על כן נאמר בתורה שהתכלית היא שהמוח יהיה שליט על הלב, כלומר שהמוח צריך להשפיע דעת נכונה ללב ולא להיפך. אם כך כאשר האדם זוכה לטהר את ליבו ע"י תפילה כיסופין ורצונות טובים, שזה עיקר העבודה שבלב וכמו כן לתקן את מידותיו ולהרבות במעשים טובים, הרי שהוא זוכה גם שליבו יאיר למוחו מחשבות טובות, רצונות וחשקים טובים.
נמצא שבבחינות מסוימות, החכמה שבלב עולה בחשיבותה על החכמה שבמוח, כאשר כמובן הלב טהור ומתוקן. כי אע"פ שעיקר הלימוד של האדם והמחשבות הם במוח, אך אם האדם משאיר את כל חוכמתו ולימודו במוח בלבד ואינו משיב את זה אל הלב ומוריד זאת למעשים, למה זה דומה? "לעץ שענפיו מרובים ושורשיו מעטים ובאה רוח והופכתו על פניו".
לעומת זאת, כאשר האדם זוכה טהר את ליבו ומרבה במעשים טובים הרי ליבו נהפך משכן לנפש האלוקית והוא מקבל מסרים והדרכה ישירות מהשם יתברך ומהקדושה דרך ליבו וזה מה שרבינו כותב שהאדם שלם בליבו עם אלוקיו ויש לו רצונות חזקים להשם יתברך ולאמת, הרי שרצון בעצמו יורה לו את הדרך אשר ילך בה, כמו שכתוב "בדרך שהאדם רוצה לילך בה מוליכין אותו".